Debe su nombre a la familia que lo adquirió en la primera mitad del siglo XVII y que lo poseyó al menos hasta finales del XIX.
En el solar que ocupa se ha localizado históricamente la vivienda de Don Esteban Illán (1151-1208), quien fuera destacado alguacil y alcalde de Toledo.
Se sabe que el rico salón mudéjar era propiedad en el siglo XV de la familia Manrique, condes de Paredes, hasta al menos 1534 en que conocemos que Alonso de Manrique, hijo del primer conde Rodrigo Manrique y que llegó a ser Cardenal de Sevilla, habitaba la casa.
En 1551 es vendida por su entonces propietario Gómez Enríquez de Ayala al Cardenal Silíceo el cual instaló allí el primitivo Colegio de Doncellas Nobles, encargando algunas reparaciones a Alonso de Covarrubias. El caso es que el estado del inmueble en 1558 era de casi ruina según informó el propio Covarrubias, por lo que fue vendido en febrero de ese año a Arias Pardo, Señor de Malagón y Mariscal de Castilla y esposo de Luisa de la Cerda de la Casa de Medinaceli. Esta familia restauró y agrandó el palacio conservando el salón mudéjar pero incorporando al resto un estilo clasicista más propio de la época.
El edificio llegó como decía al principio a manos de la familia Mesa en el siglo XVII y fue alquilado por éstos en varias ocasiones con usos tan diversos como teatro o convento. En 1845 estuvo a punto de ser derribado por su mal estado. Fue arrendado a la Sociedad Económica de Amigos del País y en 1917 por la Real Academia de Bellas Artes y Ciencias Históricas de Toledo, que aún lo conserva como sede.
En 1866 fue escenario del nacimiento de tal vez una de las asociaciones culturales más antiguas de Toledo, El Liceo de Toledo, que se reunió allí por vez primera:

La Casa de Mesa en Google Maps:
Ver Toledo Olvidado en un mapa más grande Enlaces interesantes para saber más:
- Notas históricas sobre la llamada Casa de Mesa por Julio Porres - El arte mudéjar y el Salón de la Casa de Mesa por Balbina Martínez Caviró - Historia de la Casa de Mesa