El beaterio, ocupado por religiosas que seguían la regla y hábito de Santo Domingo, fue fundado en 1482 por doña María Gómez de Silva, hija legítima del matrimonio formado por el conde de Cifuentes y Alférez Mayor de Castilla, Alonso de Silva, y doña Isabel de Castañeda, mediante la donación de unas casas para tal fin. Así se puede leer en el testamento de María fechado el 30 de mayo de 1482 —conservado en el archivo del convento y transcrito por Jean Passini— en el que indica que:
la qual dicha casa quiero e es mi voluntad que sea nonbrada desde agora para siempre la casa de la madre de dios e se fagan espeçial fiesta e memoria de la madre de dios el dia de la visitaçion de nuestra señora santa ysabel...
La decisión de la creación del cenobio se produjo a raíz del fallecimiento de los padres de dicha fundadora que, deseosa de dedicarse a la vida religiosa, se asoció á su hermana Leonor, a su tía doña Francisca de Castañeda y a otras jóvenes, convirtiendo su palacio en beaterio, y haciéndose llamar y firmando desde entonces como Sor Marigómes.
La nueva comunidad se asoció con otro convento preexistente y contiguo llamado de Santa Catalina y, al año siguiente, en 1483, pidieron al Cardenal Mendoza poder tener altar, campana, claustro y refectorio. No contentas con esto, y deseando una vida más austera y contemplativa, solicitaron poder tener clausura al papa Inocencio VIII, lo que les fue otorgado en 1488, siendo nombrada priora la propia María, quien ejerció el cargo hasta su muerte en 1532. María fue una mujer muy cercana a la reina Isabel la Católica.
Desde entonces, y a lo largo de los siglos XV, XVI y buena parte del XVII, el conjunto fue creciendo hasta convertirse en un gran complejo conventual organizado en torno a varios patios, siguiendo el modelo habitual de los conventos toledanos de la época.
Sin embargo, a partir de finales del siglo XVII comenzó un progresivo deterioro del edificio. Esta situación de declive se agravaría durante los siglos XVIII y, sobre todo, XIX. Las sucesivas exclaustraciones de las religiosas y los distintos cambios de uso afectaron seriamente a la estructura del convento, provocando incluso la desaparición de algunas de sus dependencias.
Cuando da comienzo el siglo XX sucedieron tristes acontecimientos. Así, en 1904 buena parte del edificio fue derribado, siendo desmontados dos preciosos artesonados del convento. Estos lamentables hechos fueron narrados y denunciados por Manuel Castaños y Montijano en las páginas El Castellano el 1 de octubre de ese año. Don Manuel nos cuenta que el artesonado mayor databa de finales del siglo XV y había sido costeado y encargado por la propia fundadora María, mientras que el otro, de menor tamaño, fue costeado por el hermano de María, don Alonso de Silva, nuevo conde de Cifuentes y clavero de la Orden de Calatrava. 
Por suerte, la fotografía histórica permite viajar en el tiempo y admirar tesoros que ya no están entre nosotros. Varios artesonados del convento fueron inmortalizados desde el siglo XIX en varias ocasiones. El de la iglesia era el de mayores dimensiones y poseía esta espectacular belleza:
Otro artesonado, si bien era más pequeño, tenía una preciosa cúpula con mocárabes de gran belleza: 
Las tremendas dificultades económicas de las monjas —que ya en la revolución Septembrina de 1868 habían visto cómo eran temporalmente expulsadas del convento para convertirlo en cuartel de la guardia civil, regresando en la Restauración borbónica— hicieron que el estado del edificio fuese tan lamentable al comienzo siglo XX. Según recoge el citado escrito de Manuel Castaños de 1904, las monjas no pudieron pagar siquiera a los albañiñes del derribo (lo pagó el Ayuntamiento) y solo pudieron costear una especie de chamizo o cobertizo donde almacenar desmontados dos de los valiosísimos artesonados a la espera de que alguien los comprara y las sacara de su pobreza. De manera visionaria, don Manuel ya vaticinó lo que finalmente terminó sucediendo años después:
Ampliando una de las célebres fotos aéreas del capitán Vallespín Zayas tomadas hacia 1915, he logrado aislar la imagen del estado del convento una década después de que los artesonados fueran desmontados y metidos en un cobertizo. Se aprecia bien cómo la parte de la iglesia del convento, donde se situaba el bonito artesonado de las fotos, ya aparece destruida. Dejando volar la imaginación se pueden elucubrar varios puntos de la imagen como los posibles lugares donde reposaban estas venerables maderas.
Tuvieron que pasar aún varias décadas hasta que la existencia de estas joyas desmontadas cogiendo polvo llegase a oídos del tristemente célebre William Randolph Hearst, el gran acaparador de obras de arte español de aquellos años, y del que ya os hablé en esta otra entrada del blog. A través de su enlace en España, el expoliador encubierto como "hispanista" Arthur Byne, el magnate estadounidense se hizo con al menos un artesonado del convento, al que bautizaron como SOVEREIGNCEIL en sus misivas en clave cruzadas. En la ficha rellenada a los efectos por el propio Arthur Byne, decía de él que era "el techo más importante en España". Aseveraba Byne a Hearst en una carta de 7 de julio de 1931 que "sacar del viejo convento esta enorme masa de madera, en los difíciles momentos actuales, requirió un sinfín de habilidad y paciencia, ya que fue preciso enmascarar cada carga de camión. El techo en su totalidad está ahora en Madrid, guardado en mi almacén, por lo cual no hay peligro de una intervención gubernamental". Es destacable también la picardía y la avaricia de Byne a la hora de engañar a su cliente Hearst, al indicar que no podía ofrecerle fotos del artesonado al completo debido a sus grandes dimensiones, cuando hoy sabemos que lo que sucedía es que las maderas estaban desmontadas desde hacía 27 años.
La compra la formalizó Hearst a Byne el 4 de octubre de 1931 por 22.000 dólares y el cargamento salió hacia San Francisco el 28 de enero de 1932. Es posible que fuese empleado en la denominada "New Wing" del castillo de San Simeón. La descripción de Byne habla de un techo del siglo XV compuesto por 20 vigas mayores y 19 vanos, organizando cuarteles en forma de escudos, decorado y soportado por triples ménsulas tratadas en oro. Procedía, según indica, del refectorio del convento. A fecha de hoy, es complicado aseverar si este artesonado vendido a Hearst es alguno de que os mostré fotografiados anteriormente, conociendo el estado en el que Byne observó las maderas desmontadas, así como su avariciosa condición tendente al engaño.Pero el convento de la Madre de Dios poseía otras joyas artísticas más desconocidas que hoy paso a mostraros (muchas gracias a María Jesús Galán por su ayuda con bastantes fotos) para que podáis conocer su pretérita belleza. El edificio estaba adornado con diferentes obras de arte, destacando algunos valiosos retablos, uno de ellos obra del mismísimo Jorge Manuel Theotocópuli, hijo del Greco:
En los años 20 Georg Weise obtuvo algunos detalles de sus elementos decorativos:
El convento conservaba, al parecer, el grabado más antiguo de San Martín de Porres:
He localizado, además, valiosas fotos de su vida conventual interior con las monjas en primer plano:
Una de las últimas monjas en tomar los hábitos en el convento fue Sor Ángeles Villa. Aquí vemos su imagen en aquel día en los años 20:
La función conventual del edificio finalizó en 1993, cuando el estado del edificio así como la avanzada edad de la comunidad hicieron insostenible la situación. Sus últimas siete moradoras se repartieron de este modo: cuatro monjas marcharon al convento de Santo Domingo el Real, una al de Jesús y María y la priora y la subpriora viajaron a un convento de Trujillo. En cuanto a las obras de arte, algunos pequeños retablos fueron vendidos al arquitecto Chueca Goitia, mientras que otros tres retablos se repartieron entre los conventos a los que fueron las últimas monjas. Así, uno está en Trujillo, otro marchó al nuevo convento de Jesús y María (que, a su vez, lo vendieron a unas monjas de un pueblo de Madrid) y un tercero pasó a Santo Domingo el Real (que se lo cedieron a las concepcionistas de Escalona, firmando un convenio ante notario). Una vez sin uso religioso, la recuperación definitiva del conjunto no llegaría hasta su adquisición por la Universidad de Castilla-La Mancha, que lo integró como ampliación del cercano centro universitario de San Pedro Mártir. Fue entonces cuando se emprendió una profunda rehabilitación arquitectónica acompañada de importantes intervenciones arqueológicas.
Las excavaciones se concentraron especialmente en la zona que antiguamente ocupaba el huerto de las monjas. Allí aparecieron restos de distintas épocas —romana, medieval y moderna— que demostraban la larga ocupación histórica del lugar. Pero el hallazgo más relevante fue el descubrimiento de una espectacular portada mudéjar del siglo XIV orientada hacia la plaza del Padre Juan de Mariana. Se trata de una impresionante porción de un edificio civil anterior al convento, concretamente la portada de las casas principales de García Fernández de Oter de Lobos, según las investigaciones de diferentes autores como Jean Passini, que han demostrado a partir de antigua documentación y de la transcripción de una lápida sepulcral la vinculación de este linaje con la portada. Aquellas casas de los Oter de Lobos (o Tordelobos) fueron pasando a sucesivos herederos y compradores, de modo que estaban en poder de la fundadora María Gómez en el momento en que funda el convento. Las obras del mismo ocultaron la portada durante siglos al suprimir su esquinazo para generar un chaflán.
Fue en 2002 cuando, al picar un muro en las obras de restauración para la UCLM, saltó la agradabilísima sorpresa del hallazgo de la portada, que conservaba riquísima decoración en ladrillo y cerámica y contaba aún con elementos heráldicos que fueron clave para corroborar su origen ligado a los Oter de Lobos. Concretamente, sabemos que esta portada fue realizada entre 1336
y 1356 por la presencia del escudo de la Orden de la Banda (una institución creada por Alfonso XI en el año 1332 y cuyos estatutos se dieron en 1336), durante la ampliación de las casas preexistentes, compradas por el abuelo de la saga García Fernández de Oter de Lobos I, muerto en 1356. 
La portada está organizada en tres cuerpos claramente diferenciados. En la parte inferior se sitúa una puerta adintelada sobre la que aparece un singular dovelaje decorado con alternancia de ladrillo y bandas de azulejos blancos, verdes y negros, todo ello enmarcado por una cenefa cerámica con los distintos escudos nobiliarios que fueron clave en su identificación. El cuerpo intermedio presenta una elegante sucesión de arquillos ciegos polilobulados entrecruzados, mientras que la parte superior se remata con un ventanal formado por tres arcos también polilobulados sostenidos por columnas de mármol.
En la actualidad, la antigua zona del huerto alberga un patio y una construcción moderna destinada a ampliar la biblioteca de San Pedro Mártir y sus dependencias administrativas. En todo este espacio continuaron apareciendo restos arqueológicos de gran interés.
Otro de los elementos más destacados del conjunto es el claustro. Aunque originalmente tenía una sola planta, las sucesivas reformas hicieron que adquiriese su aspecto actual, con dos alturas y una curiosa planta trapezoidal. En el claustro bajo llaman especialmente la atención la decoración epigráfica que recorre la parte superior de los muros y las vigas de madera apoyadas sobre ménsulas de rollos. Por su parte, el claustro alto, abierto hoy a aulas y despachos universitarios, conserva pies derechos de madera situados entre los grandes ventanales acristalados incorporados en la última restauración. También destacan los pilares ochavados situados en las esquinas de la galería superior.
En la panda este del claustro se encuentra la antigua iglesia conventual junto a su coro, aunque ya hemos visto que ambos espacios modificaron su disposición original a comienzos del siglo XX debido al grave deterioro del templo, cuando se desmontó el famoso artesonado y las monjas instalaron su nueva iglesia en el antiguo coro. Actualmente, este amplio espacio ha sido adaptado como gran aula universitaria.
El antiguo coro acoge el aula magna:
En definitiva, estamos ante un edificio con una riquísima historia y valor patrimonial, hasta la fecha muy desconocidos para el gran público. Espero haber arrojado luz recopilando y resumiendo sus sucesivas transformaciones, con la ayuda siempre inestimabe de las fotografías históricas (muchas de ellas hasta la fecha inéditas) como elementos didácticos visuales que logran detener la atención de quien las contempla por vez primera.Agradeciendo una vez más a María Jesús Galán su ayuda, así como a todos los sucesivos investigadores y estudiosos que fueron dando a conocer el edificio, me despido por hoy.
