Fue consagrada con el nombre de Santa María la Blanca por la presencia de la imagen de una virgen copia de la existente en el coro de la Catedral. Esta imagen estuvo en el templo hasta 1791, cuando el edificio fue reconvertido en cuartel. Anteriormente, en 1550, el Cardenal Silíceo había instalado allí un beaterio para mujeres arrepentidas. De esa época data el retablo de la escuela de Berruguete, obra de Juan Bautista Vázquez y Nicolás Vergara el Viejo.
En 1798 se restauró debido a su mal estado y se convirtió en Almacén de la Real Hacienda.
En 1851 fue nuevamente restaurada la sinagoga bajo la dirección del tallista local Ceferino Díaz, que hubo de retocar algunos capiteles ante su mal estado de conservación.
La primera fotografía conocida fue tomada algunos años más tarde, hacia 1858, por Luis León Masson:
En la segunda mitad del siglo XIX siguió siendo fotografiada, destacando las instanténeas de Jean Laurent, Casiano Alguacil, Levy, Lamont Henderson y Rafael Garzón. Sus famosas 32 columnas octogonales coronadas por soberbios capiteles fueron fotografiadas desde un principio por estos precursores de la fotografía del siglo XIX:
Durante todo el siglo XX fue fotografiada abundantemente:
Hacia 1930 el gran Pedro Román Martínez hizo un buen reportaje de la sinagoga para la revista Mundo Gráfico:
Como curiosidad, decir que la última restauración dejó las columnas con el ladrillo visto mientras que en todas estas imágenes antiguas habréis visto que estaban encaladas.
La Sinagoga de Santa María la Blanca en Google Maps:
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