Los capuchinos son una orden mendicante y, a diferencia de las monacales, solían tener sedes mucho más variables. De este modo, a menudo comenzaban viviendo fuera de las ciudades y, cuando surgía la oportunidad, se trasladaban al centro urbano ya que, al vivir de las limosnas, éstas se conseguían con mayor facilidad en la ciudad que en el campo. Esa fue la razón por la que los capuchinos se marcharon de su emplazamiento en el Cigarral del Ángel: vendieron los terrenos y, durante el pontificado del cardenal Moscoso (1648-1665), lograron que una iglesia que se encontraba casi sin uso junto al Alcázar les fuera concedida.
Esa iglesia era la denominada "Santa Leocadia junto al Alcázar", un templo colegial de origen visigótico cuya fundación se atribuía nada menos que a Sisebuto. Se encontraba adosada a la fachada sur del Alcázar y era una de las tres iglesias toledanas dedicadas a Santa Leocadia. La primera fuente documental que cita este primitivo templo data de 1226 cuando es mencionada en un documento mozárabe. Ago más tarde, en 1291, se menciona su carácter de colegial, aunque se desconoce el número de sus canónigos ni de quien dependían.
Lo más curioso, y para muchos desconocido, es que bajo este templo se hallaba una cripta excavada en la roca donde se aseguraba por la tradición que estuvo la prisión pública en época romana donde permaneció encarcelada la propia Santa Leocadia. De hecho, en 1274 se exhumaron y trajeron a esta cripta, por orden de Alfonso X el Sabio, los restos mortales que se creía pertenecían a los reyes visigodos Wamba y Recesvinto, siendo inhumados en este subterráneo.

Los capuchinos contaban ya por tanto con un lugar céntrico de la ciudad que era un buen emplazamiento para lograr más limosnas, pero por contra se encontraban junto al Alcázar con todo lo que ello implica cuando los tiempos se vuelven convulsos. Así, en 1710 sobrevino la invasión de la ciudad durante la guerra de sucesión y ocuparon Toledo las tropas austríacas y portuguesas, quienes incendiaron el Alcázar y con él ardió parcialmente el convento capuchino de Santa Leocadia. Los monjes lo reconstruyeron pronto y más adelante se volvió a reformar costeando las obras el cardenal Lorenzana.
Por desgracia, solo un siglo después de la anterior invasión, se produce la ocupación francesa y por ello se decide fortificar el Alcázar, siendo evacuados los capuchinos de su convento. Desgraciadamente, las tropas francesas tomaron la ciudad y el convento no escapó al saqueo y profanación de los sepulcros de la famosa cripta a manos de soldados napoleónicos. Sumado a ello, el propio Alcázar salió de nuevo ardiendo tras la retirada de los franceses en 1810 afectando el fuego también al convento. Los frailes se alojaron temporalmente en unas casas junto al hospitalito de Santa Ana, según cuenta Sixto Ramón Parro, mientras comenzaron a reparar el convento. Sin embargo, pronto llegó el año 1821, y con él la desamortización dispuesta durante el Trienio Liberal por la que se ordena que se cierre el convento y se vayan sus escasos frailes, unos a Los Navalmorales y otros a Calzada de Calatrava.
De nada sirvió la petición que encarecidamente realizó el Ayuntamiento de Toledo para que no fuera cerrado el monasterio, que era muy útil en la parroquia de San Miguel, logrando únicamente un retraso en el viaje de los frailes que fueran muy ancianos o estuvieran enfermos.
Es en esta época cuando se reliza un intento de recuperar la cripta y los enterramientos de Wamba y Recesvinto, citados anteriormente. Corría en año 1845 cuando el 12 de febrero de ese año la Comisión de Monumentos decidió inspeccionar el lugar. El acta de la comisión recogió textualmente que se "mandó destruir la pared que impedía la entrada en la mencionada bobeda, y allanada que fué inmediatamente penetró en ella acompañado de las enunciadas personas, y a presencia de varios Señores Oficiales del insinuado Batallón, y otras muchas, se vió y reconoció este Subterráneo que es una bobeda cuadrangular, á cuyo frente se halla un altar de mampostería, cuya tabla de mesa es una piedra berroqueña sin ara, sobre el cual, en un nicho abierto en la pared, está colocada una estatua de piedra de Santa Leocadia en el lado izquierdo de dicho altar y costado de la bobeda enlucida de yeso se leía en letras de tinta negra, perfectamente conservadas esta inscripción .. y en el lado opuesta ... cerca de la primera inscripción y entre ella y la jamba de la puerta de la boveda, por debajo de un cuadro escabado que deja descubierta la Silleria del muro que forma esta Capilla y antiguo Calavozo se lee otra inscricción que dice: me ORAT LEOCADJA, DIRIS ONUSTA CATENIS DIGI-TO QUE SIGNAT HOC IN LAPIDA CRUCEM"

Una vez sin uso, el edificio del convento de capuchinos quedó ya incorporado al complejo militar del Alcázar, puesto que no fue comprado por nadie. Es así como en 1847 el edificio es reformado ampliamente para integrarlo dentro del nuevo Colegio General Militar, instalándose en él varias dependencias mientras avanzaba lentamente la restauración del vecino Alcázar. De esta época de mediados del siglo XIX datan las primeras fotografías que se conservan del edificio del Convento de Capuchinos, donde aparece rodeado por otras construcciones, todas ya desaparecidas (salvo el Alcázar).








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